开发区刚建立时由“开发公司”运作，不久即成立了管委会。

　　1998年2月以前，开发区中的保税区、度假区等职能相对独立，有点各自为政。从98年2月起，开始学习上海浦东模式，将开发区中保税区、度假区等的经济、社会职能进行分离，经济职能仍由各区独自履行，各区的社会职能则集ຫໍສະໝຸດ Baidu起来，由新成立的“金港新区”统一行使。但照此模式运行了20个月后，遇到了诸如职能权限审批复杂、协调运转不顺等实际问题，1999年10月，撤消了“金港新区”，恢复了原来各自相对独立的管理体制。

　　开发区现设工委、管委会办公室，党群工作部，经发局，规划、土地建设局，财政局，劳动人事局，社会事业局，招商局，综合研究所，行政服务中心等部门。

　　目前，开发区领导班子成员共有7人，其中主任1人，副主任4人，另有2名党工委委员。开发区建成初期，党工委书记和管委会主任曾由市委常委、副市长兼任，现在已不再兼任。现在开发区主要领导的级别相当于大连市直属局正局级，内设局局长级别相当于大连市直属局副局级。

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